Chaque envoi de fichiers de données au progiciel doit être obligatoirement accompagné des fichiers de codification.
Ils vont permettre au logiciel de faire la correspondance entre ses propres codes et les codes internes de l'opérateur.
Les types de fichiers de codification sont au nombre de trois.
La structuration des fichiers de codification est la même que celle des fichiers de données.
Les informations de traçabilité des opérateurs sont re-codifiées avec le paramétrage propre du logiciel, lui-même bâti le plus proche possible des standards GENCOD.
Cette codification sert à faciliter l'élaboration des liens entre les informations fournies par les différents opérateurs et est sans incidence sur leur codification interne.